در زندان‌های ایران با وجود ابلاغ آیین‌نامه قوه قضائیه، به طور معمول تفکیک زندانیان اجرا نمی‌شود و نگهداری از زندانیان سیاسی با سایر زندانیان به ویژه زندانیان متهم به جرائم خشن ادامه دارد و مقام‌های امنیتی و قضایی از این ابزار برای فشار بر زندانیان سیاسی استفاده می‌کنند.
تاکنون شماری از زندانیان سیاسی و معترضان بازداشت شده به دلیل عدم رعایت اصل تفکیک جرائم آسیب دیده و حتی کشته شده‌اند.
در همین راستا مهرماه ۱۴۰۰ شاپور احسانی‌راد، پویا قبادی، اسماعیل گرامی، اکبر باقری و اکبر فراجی، پنج زندانی سیاسی که «بدون اجرای اصل تفکیک جرائم در حال سپری کردن دوران محکومیت» در کنار زندانیان «متهم به جرائم خشن» نگهداری می‌شدند، پس از ضرب و شتم به بهداری زندان منتقل شدند.
پیش از آن نیز علیرضا شیرمحمدعلی، زندانی سیاسی، که در اعتراض‌های مرداد ۹۷ بازداشت و به هشت سال حبس محکوم شده بود، توسط دو زندانی جرائم عادی در شامگاه دوشنبه ۲۰ خرداد در زندان فشافویه کشته شد.
