در جریان کشتار ۶۷ هزاران زندانی سیاسی شامل زندانیان سیاسی عمدتا مجاهد، کُرد و چپ اعدام شدند. آنها غالبا در گورستان‌های جمعی دفن شدند که معروف‌ترین آنها گورستان خاوران است. البته این گورستان‌های دسته جمعی فقط به خاوران محدود نمی‌شدند و گورستان‌های دیگری از جمله گورستان لاله زار بندر انزلی، گورستان قروه و سنندج و ده‌ها گورستان دیگر شاهدی بر این جنایت عظیم بوده‌اند. این کشتار به دستور مستقیم خمینی، رهبر وقت جمهوری اسلامی ایران در فاصله بسیار کمی پیش از اتمام جنگ ایران و عراق دستور قطعی آن صادر و به سرعت بسیار عجیبی انجام شد.
جمهوری اسلامی پس از دستور این کشتار توسط خمینی به سرعت هیئتی معروف به «هیئت مرگ» تشکیل داد که کارش تشکیل (بی)دادگاه‌های عموما چند دقیقه‌ای با طرح سوالاتی بود چون: مسلمان هستی؟ نماز می‌خوانی؟ حاضر به معرفی یاران سابق خود هستی؟ هنوز سر موضع سازمانی هستی؟ حاضر به همکاری با جمهوری اسلامی هستی؟ حاضر به نفی اعتقادات گذشته خود جلوی دوربین هستی؟ حاضری علنا ماتریالیسم تاریخی را نفی کنی؟
در جریان این کشتار وسیع بسیاری از زندانیان سیاسی که حکم خود را غالبا گذرانده بودند اعدام شدند، به صورتی که اگر جمهوری اسلامی دست به کشتار وسیع آنها در کوتاه ترین زمان ممکن یعنی شهریور سال ۶۷ نمی‌زد، آنها مدت کوتاهی پس از آن ممکن بود پس از گذراندن سالها حبس و زندان که عمدتا آنها هم ناعادلانه بودند، آزاد شوند.
بر خلاف ادعای جمهوری اسلامی، دستور اصلی این کشتار‌ها مدت‌ها پیش از اعمال این جنایت وحشتناک توسط خمینی صادر شده بود. این کشتار وسیع‌ترین تسویه سیاسی جمهوری اسلامی در جریان پایه‌گذاری، تثبیت و حکومتش محسوب می‌شود.
در ۱۹ شهریور ۱۴۰۰، ۲۵ نفر از برندگان جایزه نوبل به مناسبت سی و یکمین سالگرد اعدام‌های ۱۳۶۷ در ایران، در نامه‌ای خطاب به دبیرکل سازمان ملل متحد بر ضرورت تشکیل یک کمیسیون بین‌المللی برای انجام تحقیقات درباره این «نسل‌کشی و جنایات علیه بشریت در ایران» تأکید کردند.
حسینعلی نیری، ابراهیم رئیسی، مصطفی پورمحمدی و مرتضی اشراقی از اصلی ترین مجریان این کشتار و اعضای هیئت مرگ بودند.
هه‌نگاو، ضمن یادآوری یاد و خاطره این جان‌های از دست رفته در جریان این کشتار وحشیانه، بر ضرورت پیگیری بررسی ابعاد مختلف این جنایت، و اهمیت امر دادخواهی در این رابطه تاکید کرده و آن را از مصداق‌های روشن «جنایت عیه بشریت» در تاریخ ایران پس از جمهوری اسلامی می‌داند.
